天御中主神（アメのミナカヌシのカミ）や天照大神（アマテラスおおみかみ）などは、最初から神様的存在ですが、この世に生まれて活躍し、死んでから神様になっている人もいます。
例えば楠木正成や吉田松陰は歴史上の人物ですが、今では独自の神社を有する「神様」になっています（それぞれ湊川神社や松陰神社）。
これは神道だけでなく、キリスト教（カトリック）だって、亡くなってから聖人になっている人がいるので、同じようなものでしょう。
初代神武天皇以降126名の天皇がおられますが、特定の天皇を祭った神社があります。
偉大な功績があったり、人徳があったり、戦に勝利した天皇が多いように思います。
初代神武天皇には宮崎神宮や橿原神宮（奈良県）などの立派な神社があります。
「八幡」系の神社は日本で一番多いのですが、これはすべて応神天皇を祭っています。
源氏が奉っている神社でもあり、基本的には「武」の神様と言えるのではないでしょうか。
大化の改新で有名な天智天皇は近江神宮で祭られていますが、日本各地に支社が広がっているということはないように思います。
明治という輝かしい時代の象徴だった明治天皇には、都心に明治神宮という大きな神社がつくられました。
仏教に帰依した天皇には大々的な神社はないし（神社は神道で、宗教が別です）、悲運の天皇を慰めるための神社も、そこ1ヶ所に存在するだけのように思います（例えば安徳天皇の赤間神宮）。
こうしてみると立派な神社がある「神武天皇」、「応神天皇」、「桓武天皇」、「明治天皇」が、そのまま「偉大な天皇ベスト5」に入られる方ではないかと思われます。
ベスト5と言うからには、もう1人挙げなければならないわけですが、仁徳天皇か天武天皇か聖武天皇かが入ってくるのではないかと考えています。
